最为常见的就是由双方进行协商，通过协商的方式来解决纠纷。双方通过沟通谈判，处理好经济纠纷。

当沟通协商不成功的时候，可以通过法院诉讼方式解决。如果双方不能通过协商解决纠纷的，可以依法向法院起诉，由法院根据双方的证据和法律规定来依法判决。这种方式更加的公平公正。

公司间一般都会签订有效仲裁协议，由应该向所约定的仲裁委员会申请仲裁，由仲裁委员会依法裁决。

以上三种方式是处理公司间纠纷最为常见和最为有效的办法，部分公司采用违法手段达到目的是要受到法律惩罚的。