这一问题如果仅从理论上来分析，只要抵押人所担保的债权不超出其抵押物的价值，其余额部分应当是可以再次设定抵押。

但是，在建工程不同于房屋。在工程建设中，施工单位垫付工程款的现象十分普遍。工程款虽说是债权，但是可以按《合同法》的规定优先受偿；即在建工程一般都存在所谓“法定抵押权”。从我国司法实践来看也是优先保护这类法定抵押权。因此，形成理论上有余额而实际不再存在。

此外，目前要求办理在建工程抵押的大部分属于在建的商品房，商品房的特点是要进行销售。从我国目前的实际状况和社会诚信程度来看，一些房地产开发企业行为很不规范，登记机关无法证实其是否已经将在建的房屋进行预售，实际上也无从控制开发企业对贷款的使用。如果出现因工程款优先受偿而使抵押权无法行使时，登记机关虽然并无责任，但债权人和购房人的利益都将受到损害，极易酿成社会纠纷。

办理商品房在建工程抵押本身已经存在很大的风险，如果还要将其价值的余额部分再次设定抵押，其对社会的风险是不言而喻的。所以，较好的方法是通过立法，使在建工程抵押时，将抵押人所担保的债权限制在一个较为安全的范围内。在这一情况下，已设定抵押的在建工程也可以在其价值的余额部分再次设定抵押。